21世紀初頭、人類は細菌によって絶滅の危機に瀕していた。科学者たちは細菌の流布に「12モンキーズ」が関わっていると突き止め、囚人ジェームズ・コール（ブルース・ウィリス）を細菌が蔓延しはじめた1996年に送り込む。細菌をまいたのは果たして誰なのか…。…